樹鼩是一種分布于南亞、東南亞及我國南部地區(qū)的小型哺乳動(dòng)物。由于其與靈長(zhǎng)類動(dòng)物親緣關(guān)系近，且成體個(gè)體小，繁殖周期較短，養(yǎng)殖成本低，樹鼩具有作為新型實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的美好前景，且一直有提議用于替代生物醫(yī)學(xué)研究中使用的非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物。 

    前期中科院昆明動(dòng)物所動(dòng)物模型與人類疾病機(jī)理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、深圳華大基因研究院合作完成了樹鼩基因組草圖，注釋了相關(guān)基因，從基因組水平證實(shí)樹鼩是靈長(zhǎng)類的近親，闡明了樹鼩用于若干疾病模型創(chuàng)建的遺傳基礎(chǔ)，該研究結(jié)果2013年發(fā)表在《Nature Communications》期刊后，掀起了樹鼩研究的熱潮。樹鼩基因組的完成為研究人員提供了大量基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，更多關(guān)于樹鼩基因功能、藥物靶點(diǎn)、疾病模型等研究正在如火如荼地進(jìn)行中。然而，由于種種原因，一些研究人員難以高效的利用這些海量的樹鼩基因組數(shù)據(jù)。為了讓眾多研究者能方便地訪問樹鼩基因組的數(shù)據(jù)資源，獲取對(duì)樹鼩基因功能研究有用的信息或線索，來自姚永剛學(xué)科組的范宇和余丹丹整合了現(xiàn)有樹鼩基因組相關(guān)數(shù)據(jù)，更新了相關(guān)基因預(yù)測(cè)信息，構(gòu)建了一個(gè)信息含量豐富，使用方便，分析工具齊全的樹鼩基因組數(shù)據(jù)庫（http://www.treeshrewdb.org/）。

    樹鼩基因組數(shù)據(jù)庫設(shè)計(jì)了3個(gè)功能模塊組成：檢索模塊、數(shù)據(jù)分析模塊、數(shù)據(jù)傳送模塊。檢索模塊提供了“一站式”檢索功能，使用戶可以瀏覽到樹鼩所有注釋基因的相關(guān)信息，包括基因名、基因位置、基因序列和對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)序列、同源基因、基因的功能注釋、基因表達(dá)譜信息等，而且可以鏈接到相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫，以便進(jìn)一步獲取信息。數(shù)據(jù)分析模塊整合了一些常用軟件，比如Blast，Muscle，GeneWise等，并自主編寫了一些序列處理軟件，如ExtractSeq，ReverseSeq，TranslateCDS。在數(shù)據(jù)傳送模塊，用戶可以下載樹鼩基因組相關(guān)數(shù)據(jù)、分析結(jié)果或?qū)⒔Y(jié)果傳送到個(gè)人電子郵箱中。

    目前，樹鼩基因組數(shù)據(jù)庫已經(jīng)對(duì)外開放。相信該數(shù)據(jù)庫的發(fā)布將為樹鼩生物學(xué)研究提供一個(gè)有利的交流平臺(tái)。關(guān)于該數(shù)據(jù)庫的詳細(xì)描述，近期發(fā)表在《Scientific Reports》期刊。文章鏈接： http://www.nature.com/srep/2014/141121/srep07145/full/srep07145.html

樹鼩基因組數(shù)據(jù)庫主界面