二維三維分子類
RASMOL：觀看生物分子 3D 微觀立體結(jié)構(gòu)
RasTop：為 RasMol 2.7.1 的圖形用戶界面軟件
CHIME：直接在瀏覽器中觀看 3D 分子
MolMol：將 pdb 等格式的蛋白文件通過微調(diào)，存成普通的圖形文件
raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol 新版本及漢化版本
CrystInfo：用來快速、容易地構(gòu)建、觀察與檢查晶體 3D 結(jié)構(gòu)
PDViewer：PDB 格式文件的查看程序
Weblab Viewlite：三維分子瀏覽工具及大量分子文件例子
Weblab ViewerPro：三維分子瀏覽工具
ICMLite：三維分子瀏覽工具，有一些其他軟件沒有的功能
VMD：三維分子瀏覽工具，可以進行動態(tài)顯示
CN3D：3D 分子結(jié)構(gòu)觀察軟件
WPDB：PDB 文件檢索顯示分析軟件
DTMM：三維分子模型顯示、編輯與構(gòu)建程序
Mole：高性能的大分子三維圖形顯示計算工具
gopenmol：顯示并分析分子結(jié)構(gòu)及其特性
POV-Rayv：生成三維圖像工具軟件
MolPOV：將 PDB 文件轉(zhuǎn)化為 POV 格式文件的軟件
Mol2Mol：分子文件格式轉(zhuǎn)換軟件
PovChem：將 PDB 文件轉(zhuǎn)化為 POV 格式的文件
Ortep-3 for Windows：生成分子的熱橢圓形點圖
PLATON：通用結(jié)晶學軟件工具
Mage：讀取并演示 Kinemage 格式文件的專用軟件
Prekin ：將 PDB 格式文件轉(zhuǎn)換為 Kinemage 格式文件
Swiss-Pdb Viewer：PDB 文件顯示與分析軟件
DINAMO：蛋白序列排隊比較編輯與三維模型構(gòu)建工具
PCMoleeule2 Lite：查看 PDB 格式文件的免費軟件
StrukEd ：化學分子編輯與三維模型生成軟件
JMVC：使用 JAVA 技術(shù)編寫的三維分子查看器
ReView：讀取及分析 XYZ 格式三維分子文件
Oscail：用來處理、定義與檢查小分子單晶的軟件包
Moilin：分子構(gòu)建與觀察軟件
Tinker：與 Moilin 配套的 DOS 下的分子設計建模
Biodesigner：免費的分子建模與顯示軟件
MoluCAD：全功能的分子建模與顯示工具軟件
Viewer Activex Control：三維分子顯示控件
MarvinView：JAVA 語言編寫的化學分子二維與三維顯示程序
ACD/3D Viewer for ISIS：免費的 ISISDraw 三維顯示插件
Amira：高等三維顯示建模系統(tǒng)
AmiraMol：Amira 2.3 相應的顯示三維分子的增強工具
Visualize：分子建模和研究軟件包
ScientificGL：C++OpenGLAPI 三維分子開發(fā)工具
Sojourner：找出小蛋白的最小能量構(gòu)形并實時演示的軟件
DNA 分析
DNAClub：DNA 處理軟件
JaMBW：分子生物學軟件包
DNATool：功能很全面的 DNA 序列分析工具包
pDRAW：DNA 分析與繪圖軟件，可繪制線性或環(huán)形 DNA 圖
ANNHYB：用來幫助進行 PCR 引物設計與基因探針設計的軟件
RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具
ABIView：ABI 格式文件顯示與編輯軟件
Chromas：ABI 格式文件顯示與編輯軟件
Sequence viewer：獲取與觀察從 GSDB 獲取的 DNA 序列數(shù)據(jù)及其關(guān)聯(lián)特性的工具
DNAssist：DNA 序列分析工具
DNAProbe：核苷酸序列設計工具
DnaSP：DNA 序列種群遺傳學分析軟件
DFW：DNA 分析軟件
Artemis R4：以 Java 語言寫成的序列查看工具 』
ACT R1：以 Java 語言寫成的序列比較查看器
GDA：主要用來進行不連續(xù)基因數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析
RDP：從一組排隊比較 (Align) 的核酸序列中查找潛在的重組體軟件
Sequencher：裝配 DNA 小片段為大的連續(xù)序列或毗連 (序列) 群"Contig"軟件
MehCalc：自動計算 DNA 序列熱力學數(shù)據(jù)的 Excel 電子表格宏軟件
基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析軟件
ConsInspector：DNA 蛋白結(jié)合位點預測識別軟件
MatInd 與 Matlnspector：快速匹配 DNA 序列與已知共有序列的軟件工具
GBuilder：JAVA 語言編制的用來分析與顯示 DNA 序列的軟件
GenomePixelizer：幫助理解基因組中的簇基因 (C1ustermggene) 之間的相互關(guān)系的軟件
LabBook Genomic XML Viewer：圖形化顯示并處理 GenBank 序列數(shù)據(jù)的免費軟件
Gene Construetion Kit 2 ：管理并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程軟件
Genalysis：比較基因組或大量基因序列的工具軟件
RNA 分析
RNAdraw：RNA 二級結(jié)構(gòu)分析軟件
RNAstructure：預測 RNA 級結(jié)構(gòu)圖
RnaViz：RNA 二級結(jié)構(gòu)圖繪制程序
蛋白質(zhì)分析
ANTHEPROT：蛋白序列分析軟件包
pSAAM：蛋白序列分析軟件包
VHMPT：螺旋狀膜蛋白拓撲結(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件
aminoXpress：免費的多功能蛋白分析軟件包
生化教學
mmp.zip：將生化代謝中的各種途徑用圖表的形式表示出來
linpath.zip：線性酶反應模擬軟件
protlab：蛋白質(zhì)純化仿真軟件
MOLMED.ZIP：生化基礎(chǔ)概念演示教學程序
Biochem：生化教學文件
photo：光合作用教學程序
Adrenalin：腎上腺素在肝糖原代謝中的作用演示
Virtual Cell Lab：多媒體細胞生物學教學程序
生化工程
brd.zip：生物反應器 (發(fā)酵罐) 設計軟件
BioStat：BioStatB 發(fā)酵罐控制程序
PenSimv：青霉素發(fā)酵模擬軟件
BioProSim：發(fā)酵實時模擬軟件
序列格式轉(zhuǎn)換
vised：序列輸入分析和格式轉(zhuǎn)換軟件
ForCon：多序列文件格式轉(zhuǎn)換軟件
SeqVerter：序列格式轉(zhuǎn)換軟件
GeneStudio LE Version：序列格式顯示、編輯與轉(zhuǎn)換工具軟件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA 與 BLAST 查詢輸出文件的處理軟件
RevComp：序列格式轉(zhuǎn)換軟件
引物分析
primer Premier 5.0：引物設計工具
Oligo：引物分析著名軟件
Primer Designer：專門用 pASK-IBA～pPR-IBA 表達載體免費的引物設計輔助軟件
Array Designer：批量設計 DNA 和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR 定量分析分子信標 (Molecularbeacon) 設計軟件
NetPrimer：基于 WEB 界面的引物設計程序
序列綜合分析
pcgene：分子生物應用軟件
MACAW：多序列構(gòu)建與分析軟件
Clustal W：用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較的軟件
Clustal X：ClustalWWindows 界面程序
FASTA：數(shù)據(jù)庫中查找同源序列軟件
GeneDoc：對序列進行相關(guān)分析等操作
BLAST 與 Blastcl3：數(shù)據(jù)庫中查找類似序列的軟件及客戶端軟件
SeqPup 0.9：生物分子序列編輯與分析軟件
K-Estimator 5.5：進化基因?qū)W研究軟件，評估兩條核酸序列核苷酸替代數(shù)
BioEdit：序列編輯器與分析工具軟件
DAMBE：綜合性序列工具軟件
LaserGene：綜合性序列工具軟件
SeaView：圖形化多序列隊列編輯器
Jalview：用 Java 語言寫的多序列隊列編輯器
DNASIS：序列綜合分析工具
Genamics Expression：是一個 DNA 與蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：載體查看軟件
Jellyfish：多功能序列分析軟件
ProSeq：核酸序列編輯與種群遺傳學分析軟件
Gap4 database viewer：Gap4 基因裝配數(shù)據(jù)庫讀取顯示軟件
SMS：DNA 與蛋白序列分析與格式化在線工具集合
Omiga：核酸與蛋白序列綜合性分析軟件
Staden：綜合序列分析工具軟件包
Vector NTISuite：綜合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java 腳本語言寫成的 BLAST 服務器客戶端程序
ISYS：NCGR 開發(fā)的用 JAVA 語言寫成的數(shù)個不同類生物信息軟件與數(shù)據(jù)庫的軟件集合平臺
DNA Scriptor：DNA 與蛋白序列綜合分析軟件
Sequence Quickie-Calc：非常緊湊的分子生物學工具軟件
PhyloGrapher：用來顯示與研究相類似的基因與蛋白序列之間的進化關(guān)系的軟件
進化樹分析
phylip：進化樹分析軟件，并可繪制進化樹
TreeView：進化樹處理軟件
GeneTree：比較基因與種系進化樹的程序
NDE：用來編輯 NEXUS 格式文件的程序
TreeMap：用來可視化地比較主、從進化樹的程序
Spectrum：分析進化信息而不用將之轉(zhuǎn)化為進化樹的軟件
Phyltools：計算與處理進化樹數(shù)據(jù)的軟件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構(gòu)建工具
ATV：JAVA 語言編寫的顯示"New Hampshire"與 NHX 格式的進化樹文件軟件
TREECON：構(gòu)建和繪制進化樹的軟件包
ProBiosys 比較表現(xiàn)型分類法數(shù)據(jù)和分析計算核酸序列數(shù)據(jù)距離值的軟件
質(zhì)粒繪圖
Plasmid Processor：繪制質(zhì)粒圖軟件
Plasmid ProcessorPro：繪制質(zhì)粒圖軟件，與 Plasmid Processor 是同一個作者
WinPlas：質(zhì)粒繪圖軟件商業(yè)版
DMUP：環(huán)狀質(zhì)粒繪圖軟件測試版
Plasmid Toolkit：質(zhì)粒繪制軟件
pDRAW：DNA 分析與繪圖軟件，可繪制線性或環(huán)形 DNA 圖
Redasoft Visual Cloning：是有名的繪制質(zhì)粒圖 Redasoft Plasmid 1.1 軟件的升級版
SimVector：質(zhì)粒圖繪制軟件
圖像處理
Image Tool：科學用途的處理圖像軟件
Image J：用 Java 語言寫成的科學用途的處理圖像軟件
Cross Checker：基因指紋圖分析軟件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia) 圖像格式轉(zhuǎn)換軟件
Band Leader：凝膠圖像處理軟件
Scion lmage：圖像處理與分析工具
OSIRIS：通用醫(yī)學圖像處理與分析軟件
Melanie 3 Viewer：免費 Melanie 圖像查看器
Smart Draw：流程圖繪制軟件演示版
GIMPWin：圖像處理自由軟件
ChromoZoom：比較兩個圖像的相同與不同之處軟件
bandscan：蛋白凝膠電泳圖像分析軟件
SigmaScanPro：圖像分析軟件 30 天全功能演示版
SigmaGel：凝膠圖像分析軟件
TotalLab：圖像分析軟件
Lablmage：凝膠圖像分析軟件
GelDiff：定量比較兩個 2D 凝膠圖像的不同之處的 JAVA 軟件
Timediff：分析蛋白/基因表達圖譜時間序列的 JAVA 軟件
QuantiScan：使用簡單功能專一的凝膠掃描、分析軟件
PDQuest：分析 2 維凝膠并生成數(shù)據(jù)庫的標準軟件
數(shù)據(jù)處理
CurveExpert：用于 ELISA 標準曲線擬合的軟件
Cliekh Graph：實驗數(shù)據(jù)作圖軟件
Statistica：專業(yè)統(tǒng)計軟件
GraphPad PRISM：著名的數(shù)據(jù)處理軟件
NoSA：中文非典型數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析系統(tǒng)
CrossGraphs：多變量數(shù)據(jù)庫圖形顯示軟件
SigmaPlot：繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包 30 天全功能評估版
SYSTAT：數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析與作圖的利器 30 天全功能演示版
SigmaStat：智能統(tǒng)計軟件 30 天全功能演示版
PeakFit：自動分離、擬合與分析非線性數(shù)據(jù)軟件
TableCurve：自動兩維曲線擬合與經(jīng)驗公式查找軟件
TableCurve ：自動三維曲面擬合與經(jīng)驗公式查找軟件
SPSS：非常權(quán)威且有名的數(shù)據(jù)統(tǒng)計處理軟件 30 天全功能演示版
Origin：易于使用的科學用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件
DATb：進行生物曲線擬合與數(shù)據(jù)分析的免費軟件
數(shù)據(jù)作圖助手：對實驗結(jié)果進行數(shù)據(jù)分析和作圖的專業(yè)軟件
檢索與閱讀
PatentIn：用于將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件
Checker：用于將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件
ica32t.exe：中國生物學文獻數(shù)據(jù)庫檢索客戶端軟件
PathDB 檢索程序：(代謝途徑數(shù)據(jù)庫) 檢索程序
PubCrawler：Medline 文獻庫與 GenBank 核酸序列庫檢索軟件
NetRoseBrowser：PDG 格式瀏覽器
Book Express：專門用于超星數(shù)字圖書下載的工具軟件
EndNote：專業(yè)參考文獻查詢軟件
Reference Manager：專業(yè)參考文獻查詢軟件
Procite：參考資料檢索管理軟件
Sequin：數(shù)據(jù)庫 GenBank，EMBL，DDBJ 查詢軟件
MiniViewer：數(shù)圖閱覽器
Compresslt：JBG(NLC)」JPG 轉(zhuǎn)換功能軟件
Refs：參考文獻管理軟件
Scholars Aid：文獻參考資料等日常資料的整理軟件
paperworks：免費的參考文獻管理軟件
KD：知識倉庫建庫管理系統(tǒng)
基因芯片
AMADA：用來組織、研究、顯示、分析微數(shù)組 (Microarray) 數(shù)據(jù)軟件
ScanAlyze：進行微矩陣熒光圖像分析軟件
Cluster：對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進行分析處理的軟件
TreeView：用圖形來顯示 Cluster 軟件分析的結(jié)果軟件
AMAD：微數(shù)組數(shù)據(jù)庫
ArrayMakerv：Stanford 大學 Brown 實驗室提供的基因芯片研究全套設備相配套的軟件與文檔
J-Express：分析微矩陣 (Microarray) 實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù)的軟件
化學繪圖
ACD/CHEMSKETCH：繪制分子結(jié)構(gòu)的免費軟件及其漢化版
ACD/ChemSketch 及 ChemBasic：繪制分子結(jié)構(gòu)的免費軟件 5.0 版本及其漢化版
Chemfont：化學符號與 TureType 字體，可以在 Word 中直接插入文章中
clip.zip：化學圖片集，含有近 400 幅與化學有關(guān)的 GIF 圖片
ISIS DRAW：繪制化學結(jié)構(gòu)式的免費軟件
AutoNom：ISIS／Draw 軟件的插件 (自動生成符合 IUPAC 命名規(guī)則的化合物名稱)
ChemWindows：繪制化學結(jié)構(gòu)式的免費軟件
MarvinSketch：JAVA 語言編寫的小巧好用的化學結(jié)構(gòu)式繪制程序
ACD/Structure Drawing Applet：繪制化學結(jié)構(gòu)式免費 JAVA 小程序
ChemPen：繪制化學結(jié)構(gòu)式軟件
ChemPen+：繪制化學結(jié)構(gòu)式軟件
ChemPen：繪制化學結(jié)構(gòu)式軟件
化學應用
mmcalc.exe：分子量計算器
hxfc.zip：化學方程式配平軟件
cmcalc10.exe：化學試劑制備計算器
alkne.exe：有機化學命名練習程序
chembl32.zip：Windows95 下的免費化學方程式配平程序
periodic.zip：小巧的元素周期表
ptab32.zip：高級元素周期表
CAF：計算機輔助配方軟件
CFT：化學式教師
元素屋：查詢 112 種元素的各個信息的中文軟件
化學反應方程式編輯器：制作化學反應方程式、離子方程式、分子式、離子式等
CRS：化學反應方程式配平器
Model ChemLabv：化學實驗教育軟件及其漢化版
periodic.exe：免費的元素周期表
化學品電子手冊：一個綜合性的化學品手冊
在線綜合工具
Biology Workbench：基于 WEB 的生物學綜合工具
sewer：網(wǎng)上常用在線工具集合，本地版
在線蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預測綜合站點
DAS：蛋白跨膜預測服務器、輸入蛋白序列，預測跨膜區(qū)域
TopPred：蛋白預測服務器提供的膜蛋白拓撲學預測在線工具
SOSUI：膜蛋白分類和二級結(jié)構(gòu)預測在線工具
PSIpred-MEMSAT：進行二級結(jié)構(gòu)預測與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預測
HMMTOP：預測蛋白序列的跨膜螺旋與拓撲結(jié)構(gòu)服務器
SMART：提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查詢/顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等
TMpred：預測蛋白序列跨膜區(qū)
TMHMM：預測蛋白的跨膜螺旋
The PredictProtein server：提供蛋白數(shù)據(jù)庫查詢，預測蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務
SPLIT：膜蛋白二級結(jié)構(gòu)預測服務器
PRED-TMR：提供基于 SwissProt 數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計分析的預測蛋白跨膜片段的服務
CoPreThi：基于 INTERNET 的 JAVA 程序，預測蛋白的跨膜區(qū)
TMAP：提供預測蛋白跨膜片段的服務
RNA analysis
Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用 RNA 在線分析工具
DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查詢工具
Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用 DNA 在線分析工具
Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因與編碼區(qū)查找工具
解鏈溫度計算器：JAVA 語言寫的寡核苷酸計算器，給出核酸序列，計算 GC 百分比、解鏈溫度、長度、分子量?？梢韵螺d后使用，當小計算器
BCMgene-finder：核酸序列查找服務器，提交核酸序列，選擇相應的數(shù)據(jù)庫，進行序列查找
在線引物設計
The Primer Generator：在線引物設計程序
Prime3：比較有名的在線引物設計程序
Sequin：數(shù)據(jù)庫 GenBank，EMBL，DDBJ 查詢軟件
MiniViewer：數(shù)圖閱覽器
Compresslt：JBG(NLC)」JPG 轉(zhuǎn)換功能軟件
Refs：參考文獻管理軟件
Scholars Aid：文獻參考資料等日常資料的整理軟件
paperworks：免費的參考文獻管理軟件
KD：知識倉庫建庫管理系統(tǒng)
其他功能軟件
digitizer：圖形數(shù)字化軟件，可以將曲線圖轉(zhuǎn)化為數(shù)據(jù)與等式
Graph Paper：坐標紙打印軟件
DynaFit：酶動力學數(shù)據(jù)或配體—受體結(jié)合數(shù)據(jù)處理軟件
Migrate：從遺傳學角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遺傳學軟件
正交設計助手：正交實驗設計輔助工具軟件
FBAT：家族遺傳相聯(lián)檢驗的統(tǒng)計程序
GGT32：圖形化基因型表示軟件
CERVUS：使用共顯性標記數(shù)據(jù)推斷親緣關(guān)系的軟件
Jarnac：代謝過程模擬軟件包
Gepasi：化學與生物化學反應動力學仿真與優(yōu)化軟件
BCT：微生物趨向性模擬程序
StochSim：隨機生物化學反應模擬軟件
Bio_MW：生物化學分子量計算軟件
MatchCode：將蛋白和核酸序列進行簡單匹配和格式化輸出的中文軟件
Map Manager：回交、雜交與重組自交系分析遺傳作圖實驗結(jié)果的軟件
MolEco：以遺傳學方法評估雜亂交配頻率的軟件
Canvas：繪圖軟件
免疫室管理系統(tǒng)：中文免疫室綜合軟件
Cyrillic：家譜繪圖軟件
Frozen Cell Stock Monitor：用來管理儲存在液氮容器中的生物樣品 (例如細胞系、血清等等) 的程序
MICE：虛擬動物飼養(yǎng)設施，用來幫助管理飼養(yǎng)設施中的實驗動物軟件
DBsolve：代謝及酶—受體結(jié)合模擬軟件
boxit：管理生物樣品的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)
GRR：檢測系譜誤差 (pedigreeerrors) 的應用軟件
健康藥霸：藥典類的軟件
AceDB：基因組數(shù)據(jù)庫軟件
MAPL98、DIAL98 與 GEST98：El 本學者編制的幾個統(tǒng)計基因?qū)W (StatisticalGenetics) 軟件
PED：系譜 (Pedigree) 繪制軟件
PEDRAW：系譜 (Pedigree) 繪制軟件
quantiRT：內(nèi)置宏程序，用來輔助定量 RT-PCR 實驗的 Excel 文件
BateView：管理與追蹤小型的實驗鼠生殖群體的 Excel 文件
MassXpert：幫助科學家預測與分析從蛋白組學研究中獲得的蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的軟件
MestRe-C 與 MestRe-CnD：分析、顯示與仿真 1D 與 2D 磁共振圖譜的軟件
ACD/SpecViewer：免費光譜數(shù)據(jù)顯示軟件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR 用來顯示 ACD/NMR Predictors 預測的所繪化學結(jié)構(gòu)式
Viewer：磁共振圖譜文件的免費軟件
WinMDIver：分析流式細胞儀數(shù)據(jù)文件的免費軟件
TestDNA：根據(jù)已知成分值生成細胞周期 FCS 文件的免費工具軟件
Cylchred：細胞周期分析 (CELLCYCLEANALYSIS) 軟件
gX-Path Vision：生成、編輯與顯示生物代謝途徑的工具軟件
生物五筆：生物醫(yī)學專業(yè)輸入法
